Wydział Zarządzania Funduszami Europejskimi prowadzi kontrole prawidłowości wykorzystania środków Unii Europejskiej.
1. W zakresie perspektywy finansowej Unii Europejskiej 2004-2006 prowadzone są kontrole Programów: Zintegrowany Program Operacyjny Rozwoju Regionalnego
2004-2006 i Inicjatywa Wspólnotowa INTERREG III A.
Kontrole prowadzone są na podstawie Rozporządzenia Ministra Rozwoju Regionalnego z dnia 27 kwietnia 2007 r. w sprawie trybu kontroli realizacji projektów
i programów współfinansowanych ze środków funduszy strukturalnych i Funduszu Spójności (Dz. U. Nr 90, poz. 602) oraz zgodnie z art. 30 Rozporządzenia Rady nr 1260/1999 z dnia 21 czerwca 1999 r., ustanawiającym przepisy ogólne w sprawie funduszy strukturalnych.
Zespół kontrolujący w ramach prowadzonych czynności kontrolnych potwierdza zachowanie trwałości projektów realizowanych zgodnie z wnioskiem aplikacyjnym i umową
o dofinansowanie w ramach w/w Programów. Kontrole mają charakter wizyty monitorującej
i obejmują w szczególności sprawdzenie:
1) czy w okresie 5 lat od dnia podpisania umowy projekt nie uległ znaczącej modyfikacji powodującej :
- zmianę jego charakteru lub warunków wdrożenia projektu, zawartych we wniosku, o którym mowa w § 2 ust. 1 umowy,
- wygenerowanie przez projekt znaczącego zysku netto nie uwzględnionego
we wniosku, o którym mowa w § 2 ust. 1 umowy,
- zmianę własności infrastruktury,
- zmianę lokalizacji realizacji projektu,
-  zmianę charakteru infrastruktury powstałej w efekcie realizacji projektu ;
2) czy projekt jest realizowany zgodnie z zapisami prawa krajowego i wspólnotowego ;
3) czy status prawny Beneficjenta nie zmienił się w kontekście odzyskiwania podatku VAT, w stosunku do informacji zawartej w Oświadczeniu o kwalifikowalności VAT ;
4) czy beneficjent wypełnia obowiązki wynikające z umowy w zakresie promocji dla projektu ;
5)   czy istnieje system archiwizacji akt i jest odpowiedni ;
6)   kto zarządza projektem po okresie jego realizacji ;
7)  czy zakładane wskaźniki rezultatu zostały osiągnięte zgodnie z założonymi we wniosku     aplikacyjnym.
2. W zakresie perspektywy finansowej UE 2007-2013 realizowane są zadania Wojewody Lubuskiego w zakresie kontroli w ramach Programu Operacyjnego Współpracy Transgranicznej Polska (Województwo Lubskie) – Brandenburgia 2007-2013 w ramach Europejskiej Współpracy Terytorialnej oraz w ramach Programu Operacyjnego Współpracy Transgranicznej Polska – Saksonia 2007-2013.
Zakres kontroli określa Porozumienie z dnia 24 października 2008 r. w sprawie ustanowienia Wojewody Lubuskiego Kontrolerem z art. 16 Rozporządzenia WE nr 1080/2006 Parlamentu Europejskiego i Rady z dnia 5 lipca 2006 r. w sprawie Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego i uchylającego Rozporządzenie WE nr 1783/1999 (Dz. Urz. UE L 210  31.07.2006 r.) oraz Porozumienie z dnia 27 stycznia 2009 r. w sprawie ustanowienia Wojewody Lubuskiego Kontrolerem z art. 16 Rozporządzenia WE nr 1080/2006 Parlamentu Europejskiego i Rady z dnia 5 lipca 2006 r. w sprawie Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego i uchylającego Rozporządzenie WE nr 1783/1999 (Dz. Urz. UE L 210  31.07.2006 r.)
Kontrola obejmuje weryfikację:
- dostarczonych towarów i usług stanowiących przedmiot dofinansowania;
- zasadności zadeklarowanych wydatków dla działań przewidzianych w projekcie,
- zgodności wydatków z przepisami krajowymi i wspólnotowymi,
Ponadto kontrola w szczególności obejmuje sprawdzenie:
- wykonania działań przewidzianych we wniosku o dofinansowanie, osiągnięcia wskaźników zakładanych we wniosku o dofinansowanie;
- wydatków poniesionych na realizację projektu, prowadzenia ewidencji księgowej dla projektu;
- udzielenia zamówienia publicznego;
- wykonywania działań informacyjnych i promocyjnych,
- przestrzegania zasad pomocy publicznej, ochrony środowiska i równości szans,
- sposobu archiwizacji.
Zasady przeprowadzania kontroli dla programów EWT zostały określone  w Wytycznych 
z zakresu Kontroli pierwszego stopnia w ramach Programu Współpracy Transgranicznej Polska (Województwo Lubskie) – Brandenburgia 2007 – 2013 oraz Wytycznych z zakresu Kontroli pierwszego stopnia w ramach Programu Współpracy Transgranicznej Polska – Saksonia 2007 – 2013 dostępnych pod adresami:
http://www.mrr.gov.pl/fundusze/wytyczne_mrr/obowiazujace/szczegolowe/ewt/Strony/wytyczne_ewt_kontrola_I_stopnia_0809.aspx
http://www.mrr.gov.pl/fundusze/wytyczne_mrr/obowiazujace/szczegolowe/ewt/Strony/Wytyczne_polksa_saksonia_221009.aspx.