Do Wydziału Instytucji Pośredniczącej w Certyfikacji należy prowadzenie spraw związanych z realizacją zadań Wojewody wynikających z ustawy z dnia 6 grudnia 2006 r. o zasadach prowadzenia polityki rozwoju (Dz. U. z 2009 r. Nr 84, poz. 712 z późn. zm.), przekazanych na podstawie porozumienia zawartego między Ministrem Rozwoju Regionalnego a Wojewodą Lubuskim, a w szczególności:

1. weryfikowanie „Poświadczeń i deklaracji wydatków oraz wniosku o płatność okresową od Instytucji Zarządzającej Lubuskim Regionalnym Programem Operacyjnym do Instytucji  Certyfikującej”;
2. sporządzanie i przekazywanie do Instytucji Certyfikującej (IC) „Poświadczeń Instytucji Pośredniczącej w Certyfikacji do Instytucji Certyfikującej”;
3. weryfikowanie i opiniowanie Podręcznika Procedur Instytucji Zarządzającej Lubuskim Regionalnym Programem Operacyjnym (IZ LRPO), zmian do Podręcznika oraz opracowywanie i aktualizowanie Instrukcji Wykonawczej IPOC;
4. opiniowanie zaktualizowanego Opisu Systemu Zarządzania i Kontroli Lubuskiego Regionalnego Programu Operacyjnego na lata 2007-2013;
5. analizowanie do celów certyfikacji wydatków informacji i zaleceń pokontrolnych IZ i instytucji, do których IZ LRPO delegowała swoje zadania, oraz wyników kontroli/audytów przeprowadzanych przez Najwyższą Izbę Kontroli, Instytucję Audytową i inne uprawnione instytucje;
6. analizowanie oraz uwzględnianie do celów poświadczenia wydatków informacji o nieprawidłowościach, uzyskanych na podstawie raportów i zestawień przedkładanych przez IZ LRPO, zgodnie z Procedurą Informowania o Nieprawidłowościach (PION);
7. weryfikowanie oraz przekazywanie do IC zbiorczych informacji dla Lubuskiego Regionalnego Programu Operacyjnego (LRPO) dotyczących ewidencji kwot podlegających procedurze odzyskiwania i kwot wycofanych po anulowaniu całości lub części wkładu dla danego projektu;
8. analizowanie informacji dotyczących procesu realizacji Lubuskiego Regionalnego Programu Operacyjnego zawartych w otrzymywanych od IZ LRPO informacjach miesięcznych, sprawozdaniach okresowych, rocznych i końcowych oraz ich uwzględnianie w procesie certyfikacji wydatków dla LRPO;
9. przeprowadzanie kontroli w Instytucji Zarządzającej LRPO, w Instytucji Pośredniczącej II-stopnia dla Priorytetu III oraz w szczególnych przypadkach u Beneficjentów LRPO w celu zapewnienia prawidłowej realizacji procesu certyfikacji  wydatków do Komisji Europejskiej;
10. informowanie IC o stwierdzeniu wystąpienia nieprawidłowości w realizacji LRPO, w szczególności na postawie własnych kontroli lub na podstawie kontroli przeprowadzanych przez uprawnione do tego organy;
11. przeprowadzanie kontroli u kontrolera I stopnia w Programie Operacyjnym Współpracy Transgranicznej Polska (województwo lubuskie) – Brandenburgia 2007-2013.
12. przygotowywanie wniosków o dofinansowanie oraz realizacja i rozliczanie projektów w ramach Programu Operacyjnego Pomoc Techniczna 2007-2013.

Ponadto, do zadań IPOC należy organizacja i obsługa kancelaryjno-biurowa Wojewódzkiej Komisji do Spraw Orzekania o Zdarzeniach Medycznych.

Wydział Instytucji Pośredniczącej Certyfikacji dzieli się na:

1. Oddział ds. Certyfikacji;
2. Oddział ds. Kontroli;
3. Oddział ds. Systemu;
4. Samodzielne stanowisko ds. organizacyjny i obsługi sekretariatu.